Net zoals hyaluronzuur is chondroïtine een sponsachtige stof die veel water kan vasthouden. Dergelijke stoffen zijn nodig in bindweefsels zoals het kraakbeen in de gewrichten. Ook de botten en de ogen hebben chondroïtine nodig voor de stevigheid.

Veel voorkomende gewrichtsaandoeningen zijn artrose en reuma (artritis). Supplementen met chondroïtine worden vaak gebruikt om herstel van het kraakbeen bij gewrichtsaandoeningen te bevorderen. Kraakbeen bevat geen bloedvaten, dus alle bouw- en voedingsstoffen moeten in het kraakbeen 'doorsijpelen', wat een zeer langzaam proces is.