De vagina is een kwetsbaar gebied als het om infecties gaat. Bijna elke vrouw maakt in haar leven wel een infectie mee, die veroorzaakt wordt door een bacterie, candida of trichomonas. Belangrijk om infecties te voorkomen, is een gezonde vaginale flora te handhaven. De belangrijkste bacteriën in de vagina zijn de lactobacillen (nl. Lactobacillus crispatus, L. jensenii en L. iners). Die houden de vagina zuur, zodat schadelijke bacteriën er niet kunnen groeien.

Om toekomstige infecties te vermijden of te behandelen, kan toediening van extra lactobacillen (probiotica via zetpil) nuttig zijn. Ze worden best na een eventuele antibioticakuur gebruikt. Let op: niet alle stammen werken even goed. De lactobacillen in de vagina wordt aangevoerd via de darm, dus een gezonde darmflora is ook belangrijk.
Andere behandelingen zijn 'vaginale douches', maar die worden echter sterk afgeraden.